Luigi y Mario Bros, los hermanos protagonistas de videojuegos Nintendo son fontaneros, pero en esta historia se enfrentarán a una misión mucho más peligrosa de la que están acostumbrados. El paleontólogo de la margarita ha sido secuestrado y que tienen que rescatarla, pero ¿dónde está? El impacto de un meteorito en la Tierra acabó con los dinosaurios, sin embargo, continuó viviendo en un mundo paralelo gobernado por Koopa. Es en este universo desconocido donde es margarita y tienen que viajar allí para salvar a sus hermanos.