Jesse tiene ahora 17 años y ha conseguido un trabajo de verano en un barco de investigación oceanográfica. Preocupado, investiga por qué una misteriosa disminución de la población de orcas. Willy también se ha convertido en un adulto joven y ha asumido la responsabilidad de un socio, Nicky. No muy lejos de ellos, Max, un niño de 10 años descubre que su padre se dedica a la caza ilegal de ballenas. Su siguiente captura podría ser Willy y Nicky. Pero cuando Jesse y Max hace que los amigos, los dos se embarcan en una peligrosa misión para salvar a Willy.